基金或者行政事業(yè)性收費(fèi)可以扣除，但只能開具增值稅普通發(fā)票。

具體開具發(fā)票，可以參考上海國稅的指引，按6%的稅率開具。

http://sjswfj.szgs.gov.cn/art/2016/6/6/art_521_43695.html

上海國稅一般納稅人差額征稅發(fā)票開具和申報(bào)指引

二、經(jīng)紀(jì)代理服務(wù)

（一）注釋

經(jīng)紀(jì)代理服務(wù)，是指各類經(jīng)紀(jì)、中介、代理服務(wù)。包括金融代理、知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理、貨物運(yùn)輸代理、代理報(bào)關(guān)、法律代理、房地產(chǎn)中介、職業(yè)中介、婚姻中介、代理記賬、拍賣等。

貨物運(yùn)輸代理服務(wù)，是指接受貨物收貨人、發(fā)貨人、船舶所有人、船舶承租人或者船舶經(jīng)營(yíng)人的委托，以委托人的名義，為委托人辦理貨物運(yùn)輸、裝卸、倉儲(chǔ)和船舶進(jìn)出港口、引航、靠泊等相關(guān)手續(xù)的業(yè)務(wù)活動(dòng)。

代理報(bào)關(guān)服務(wù)，是指接受進(jìn)出口貨物的收、發(fā)貨人委托，代為辦理報(bào)關(guān)手續(xù)的業(yè)務(wù)活動(dòng)。

（二）銷售額

經(jīng)紀(jì)代理服務(wù)，以取得的全部?jī)r(jià)款和價(jià)外費(fèi)用，扣除向委托方收取并代為支付的政府性基金或者行政事業(yè)性收費(fèi)后的余額為銷售額。向委托方收取的政府性基金或者行政事業(yè)性收費(fèi)，不得開具增值稅專用發(fā)票。

（三）發(fā)票開具

方式一：通過增值稅發(fā)票管理新系統(tǒng)中正常開票功能,以取得的全部?jī)r(jià)款和價(jià)外費(fèi)用，扣除向委托方收取并代為支付的政府性基金或者行政事業(yè)性收費(fèi)后的余額依6%的稅率開具增值稅專用發(fā)票；代為支付的費(fèi)用依6%的稅率開具增值稅普通發(fā)票。

方式二：通過增值稅發(fā)票管理新系統(tǒng)中正常開票功能,以取得的全部?jī)r(jià)款和價(jià)外費(fèi)用，依6%的稅率全額開具增值稅普通發(fā)票。

（四）申報(bào)要求

在《增值稅納稅申報(bào)表附列資料（一）》中，按增值稅發(fā)票（含增值稅專用發(fā)票、增值稅普通發(fā)票，下同）開具金額、稅額填入第5行第1和第2列、第3和第4列的“銷售額”、“銷項(xiàng)(應(yīng)納)稅額”；將代為支付的費(fèi)用填入第5行第12列“服務(wù)、不動(dòng)產(chǎn)和無形資產(chǎn)扣除項(xiàng)目本期實(shí)際扣除金額”。

在《增值稅納稅申報(bào)表附列資料（三）》中，按增值稅發(fā)票價(jià)稅合計(jì)填入第3行“6%稅率的項(xiàng)目（不含金融商品轉(zhuǎn)讓）”第1列“本期服務(wù)、不動(dòng)產(chǎn)和無形資產(chǎn)價(jià)稅合計(jì)額（免稅銷售額）”；將代支付的費(fèi)用填入第3行第3列“本期發(fā)生額”欄次。