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由于財稅〔2000〕42號關(guān)于企業(yè)所得稅的免稅政策不再適用，因此非營利性醫(yī)療機構(gòu)的企業(yè)所得稅只能按照非營利組織的有關(guān)規(guī)定進行免稅。根據(jù)《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于非營利組織企業(yè)所得稅免稅收入問題的通知》（財稅〔2009〕122號）第一條規(guī)定：
（一）接受其他單位或者個人捐贈的收入；
（二）除《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第七條規(guī)定的財政撥款以外的其他政府補助收入，但不包括因政府購買服務(wù)取得的收入；
（三）按照省級以上民政、財政部門規(guī)定收取的會費；
（四）不征稅收入和免稅收入孳生的銀行存款利息收入；
（五）財政部、國家稅務(wù)總局規(guī)定的其他收入。
自2008年后，財政部、國家稅務(wù)總局沒有出臺關(guān)于非營利醫(yī)院的企業(yè)所得稅的專項稅收優(yōu)惠政策。
因此，目前非營利醫(yī)院能夠免征企業(yè)所得稅的就是《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于非營利組織企業(yè)所得稅免稅收入問題的通知》第一至四項收入。
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