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首先看持股主體，如果是公司法人轉讓其持有的股權，按照轉讓股權的對價減去該部分股權的成本后的利潤計入公司當年應納稅所得額一并計算公司所得稅。因此在某些情況下公司如果有可抵扣的虧損，是可以與股權轉讓所得額抵消的。如果沒有可抵扣的虧損，則稅率為25%。
如果是個人持股，則按照個人股權轉讓所得繳納所得稅，所得稅率20%，個人所得稅框架下沒有任何可抵扣項。與之類似的是投資基金的主流形式有限合伙企業(yè)，有限合伙企業(yè)不屬于公司制企業(yè)，不繳納公司所得稅而是按照GP和LP的組織形式先分后稅，如果合伙人是公司法人則按照公司所得稅計算，如是個人則按照個人所得稅計算。但相對特殊的一點是有限合伙企業(yè)也可能存在經(jīng)營活動帶來的費用支出，不像公司可以有5年的虧損抵扣有效期，有限合伙企業(yè)的賬面虧損。
但是一些地方政府出于吸引投資基金在當?shù)丶{稅、扶持當?shù)貏?chuàng)業(yè)創(chuàng)新等動機，會有各類的稅收地方留存按比例稅收返還等政策，因此會有很多投資機構管理的投資基金注冊地會集中出現(xiàn)在寧波、共青城、西藏、霍爾果斯等一些地方。
除了上述所得稅外，股權轉讓還需要繳納印花稅，一般按照總額的萬分之五繳納，通常而言金額相比所得稅可以忽略不計。
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