按照《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于全面推開營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）附件2《營業(yè)稅改征增值稅試點有關(guān)事項的規(guī)定》、國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布《納稅人跨縣（市、區(qū)）提供建筑服務(wù)增值稅征收管理暫行辦法》的公告（國家稅務(wù)總局公告2016年第17號）相關(guān)規(guī)定，試點納稅人提供建筑服務(wù)適用簡易計稅方法的，以取得的全部價款和價外費用扣除支付的分包款后的余額為銷售額。納稅人按照上述規(guī)定從取得的全部價款和價外費用中扣除支付的分包款，應(yīng)當(dāng)取得符合法律、行政法規(guī)和國家稅務(wù)總局規(guī)定的合法有效憑證，否則不得扣除。支付給境內(nèi)單位或者個人的款項，以發(fā)票為合法有效憑證：

（一）從分包方取得的2016年4月30日前開具的建筑業(yè)營業(yè)稅發(fā)票。

上述建筑業(yè)營業(yè)稅發(fā)票在2016年6月30日前可作為預(yù)繳稅款的扣除憑證。

（二）從分包方取得的2016年5月1日后開具的，備注欄注明建筑服務(wù)發(fā)生地所在縣（市、區(qū)）、項目名稱的增值稅發(fā)票。

（三）國家稅務(wù)總局規(guī)定的其他憑證。

從上面規(guī)定可以看得出來，總包方應(yīng)當(dāng)向建設(shè)方開具全額發(fā)票；分包方應(yīng)就分包部分給總包方開具發(fā)票，用于總包方差額計稅。

另外，也可以參考一下稅總納便函〔2016〕71號《全面推開營改增試點12366熱點問題解答(一) 》：

1.一般納稅人以清包工方式或者甲供工程提供建筑服務(wù)，適用簡易計稅方法，文件規(guī)定以收到的然后減去分包款為銷售額，開票是總金額的還是分包之后的？例如總包收到100萬，分包款50萬，購貨方要求開具100萬發(fā)票，納稅人實際繳納50萬的稅款，如何開票？

答：可以全額開票，總包開具100萬發(fā)票，發(fā)票上注明的金額為100/(1+3%)，稅額為100/（1+3%）*3%，下游企業(yè)全額抵扣。納稅人申報時，填寫附表3，進(jìn)行差額扣除，實際繳納的稅額為（100-50）/(1+3%)*3%。