經(jīng)批準(zhǔn)匯總申報(bào)繳納增值稅的納稅人，其增值稅納稅申報(bào)均應(yīng)由總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)，一般情況下，總機(jī)構(gòu)匯總其與分支機(jī)構(gòu)的增值稅應(yīng)稅收入，取得的進(jìn)項(xiàng)稅額匯總到總機(jī)構(gòu)申報(bào)抵扣，由總機(jī)構(gòu)匯總申報(bào)并繳納增值稅即可，但部分地區(qū)（如上海、江蘇）可能要求按分?jǐn)偙壤?jì) 算分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分?jǐn)偟亩惪?，由分支機(jī)構(gòu)向其主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理預(yù)繳申報(bào)，具體以當(dāng)?shù)氐囊鬄闇?zhǔn)。

部分地區(qū)有出臺(tái)相應(yīng)的管理辦法，供參考：

上海：上海市國家稅務(wù)局上海市財(cái)政委員會(huì)公告2014年第5號(hào)

(二)納稅申報(bào)

匯總申報(bào)納稅單位在辦理涉及匯總稅種的納稅申報(bào)時(shí)，由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一進(jìn)行申報(bào)，各被匯總單位不需單獨(dú)申報(bào)。 一般納稅人資格的商業(yè)企業(yè)辦理匯總稅種納稅申報(bào)時(shí)未按實(shí)際情況填報(bào)《匯總申報(bào)稅款劃分明細(xì)表》的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可以申請取消其匯總申報(bào)納稅資格。

(三)納稅證明

匯總申報(bào)納稅單位對匯總期間的納稅情況申請開具匯總稅種納稅證明時(shí)，可以申請開具匯總的納稅證明。匯總申報(bào)納稅證明應(yīng)附《分支機(jī)構(gòu)名單》。

(四)發(fā)票管理

已批準(zhǔn)匯總申報(bào)納稅的納稅人發(fā)票的領(lǐng)購、繳銷、認(rèn)證等管理工作統(tǒng)一由總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)，自匯總申報(bào)納稅生效之日起，各被匯總單位應(yīng)當(dāng)繳銷結(jié)存發(fā)票，以總機(jī)構(gòu)名義開具發(fā)票。各被匯總單位不得向稅務(wù)機(jī)關(guān)申請領(lǐng)購或代開發(fā)票。匯總申報(bào)納稅單位之間移送貨物不得開具發(fā)票。

福建?。洪}國稅發(fā)〔2014〕33號(hào)

第五條增值稅“匯總計(jì)算、屬地繳納”，是指由總機(jī)構(gòu)匯總當(dāng)期一般增值稅（改征增值稅）的全部銷售額，核算出當(dāng)期應(yīng)納增值稅額，并按總（分）機(jī)構(gòu)當(dāng)期實(shí)現(xiàn)的應(yīng)稅銷售額占總分機(jī)構(gòu)全部應(yīng)稅銷售額的比例計(jì)算分配總（分）機(jī)構(gòu)應(yīng)就地申報(bào)繳納的增值稅額的納稅申報(bào)方式。

總分機(jī)構(gòu)當(dāng)期應(yīng)納增值稅額=當(dāng)期銷項(xiàng)稅額-當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額-期初留抵稅額

總（分）機(jī)構(gòu)當(dāng)期應(yīng)納稅額=總分機(jī)構(gòu)當(dāng)期應(yīng)納稅額×總（分）當(dāng)期應(yīng)稅銷售額÷總分機(jī)構(gòu)當(dāng)期全部應(yīng)稅銷售額

總分機(jī)構(gòu)當(dāng)期應(yīng)納增值稅額若有留抵稅額的，留待下期抵扣，不分配各分支機(jī)構(gòu)當(dāng)期應(yīng)納稅額。

在同一縣（市、區(qū)）內(nèi)設(shè)有兩家以上分支機(jī)構(gòu)的，指定其中一家分支機(jī)構(gòu)作為辦理本縣（市、區(qū)）所有分支機(jī)構(gòu)涉稅事項(xiàng)的納稅人，其他分支機(jī)構(gòu)為其下屬營業(yè)網(wǎng)點(diǎn)。