2016年6月29日，國家稅務(wù)總局發(fā)布《關(guān)于完善關(guān)聯(lián)申報和同期資料管理有關(guān)事項的公告》（國家稅務(wù)總局公告2016年第42號）第十一條的規(guī)定，符合以下條件之一的企業(yè)，應(yīng)當(dāng)準備主體文檔：

1、（1）年度發(fā)生跨境關(guān)聯(lián)交易，且合并該企業(yè)財務(wù)報表的最終控股企業(yè)所屬企業(yè)集團已準備主體文檔；

（2）年度關(guān)聯(lián)交易總額超過10億元。

2、主體文檔的豁免條件

根據(jù)42號公告規(guī)定，如果企業(yè)僅與境內(nèi)關(guān)聯(lián)方發(fā)生關(guān)聯(lián)交易的，可以不準備主體文檔。這一豁免條件相較于特別納稅調(diào)整實施辦法（試行）的“外資股份低于50%且僅與境內(nèi)關(guān)聯(lián)方發(fā)生關(guān)聯(lián)交易”的規(guī)定，擴大了豁免范圍，如果企業(yè)的外資股份高于50%，但僅與境內(nèi)關(guān)聯(lián)方發(fā)生關(guān)聯(lián)交易的，也可以不再準備主體文檔。

根據(jù)42號公告的規(guī)定，企業(yè)簽訂或執(zhí)行成本分攤協(xié)議的，應(yīng)當(dāng)準備成本分攤協(xié)議特殊事項文檔；企業(yè)關(guān)聯(lián)債資比例超過標準比例需要說明符合獨立交易原則的，應(yīng)當(dāng)準備資本弱化特殊事項文檔。即特殊事項文檔的適用條件與主體文檔和本地文檔的適用條件相分離，如果企業(yè)僅符合本地文檔的適用條件但不符合特殊事項文檔的適用條件的，可以只準備本地文檔；如果企業(yè)僅符合特殊事項文檔的適用條件但不符合本地文檔和主體文檔的適用條件的，那么該企業(yè)可以只準備特殊事項文檔，不必再準備主體文檔和本地文檔。

根據(jù)以上規(guī)定，如果企業(yè)僅與境內(nèi)關(guān)聯(lián)方發(fā)生關(guān)聯(lián)交易的，可以不準備主體文檔，對于最終控股企業(yè)是否準備主體文檔沒有豁免條件。另外，如果簽訂或執(zhí)行成本分攤協(xié)議，可以不再準備主體文檔和本地文檔。謝謝您的提問！