第一種思路：考慮逐級(jí)申請(qǐng)認(rèn)證。

根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問(wèn)題的公告》（國(guó)家稅務(wù)總局公告2011年第50號(hào)）規(guī)定，對(duì)增值稅一般納稅人發(fā)生真實(shí)交易但由于客觀(guān)原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核、逐級(jí)上報(bào)，由國(guó)家稅務(wù)總局認(rèn)證、稽核比對(duì)后，對(duì)比對(duì)相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續(xù)抵扣其進(jìn)項(xiàng)稅額。

增值稅一般納稅人由于除客觀(guān)原因以外的其他原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，仍應(yīng)按照增值稅扣稅憑證抵扣期限有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。

客觀(guān)原因包括如下類(lèi)型：（一）因自然災(zāi)害、社會(huì)突發(fā)事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；（二）增值稅扣稅憑證被盜、搶?zhuān)蛘咭蜞]寄丟失、誤遞導(dǎo)致逾期；（三）有關(guān)司法、行政機(jī)關(guān)在辦理業(yè)務(wù)或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報(bào)義務(wù)，或者稅務(wù)機(jī)關(guān)信息系統(tǒng)、網(wǎng)絡(luò)故障，未能及時(shí)處理納稅人網(wǎng)上認(rèn)證數(shù)據(jù)等導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；（四）買(mǎi)賣(mài)雙方因經(jīng)濟(jì)糾紛，未能及時(shí)傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點(diǎn)，注銷(xiāo)舊戶(hù)和重新辦理稅務(wù)登記的時(shí)間過(guò)長(zhǎng)，導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；（五）由于企業(yè)辦稅人員傷亡、突發(fā)危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續(xù)，導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；（六）國(guó)家稅務(wù)總局規(guī)定的其他情形。

增值稅一般納稅人因客觀(guān)原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，可按照本公告附件《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》的規(guī)定，申請(qǐng)辦理逾期抵扣手續(xù)。

第二種思路：開(kāi)具紅字發(fā)票。

根據(jù)國(guó)家稅務(wù)總局《關(guān)于紅字增值稅發(fā)票開(kāi)具有關(guān)問(wèn)題的公告》(國(guó)家稅務(wù)總局公告2016年第47號(hào)):

一、增值稅一般納稅人開(kāi)具增值稅專(zhuān)用發(fā)票（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“專(zhuān)用發(fā)票”）后，發(fā)生銷(xiāo)貨退回、開(kāi)票有誤、應(yīng)稅服務(wù)中止等情形但不符合發(fā)票作廢條件，或者因銷(xiāo)貨部分退回及發(fā)生銷(xiāo)售折讓?zhuān)枰_(kāi)具紅字專(zhuān)用發(fā)票的，按以下方法處理：

（一）購(gòu)買(mǎi)方取得專(zhuān)用發(fā)票已用于申報(bào)抵扣的，購(gòu)買(mǎi)方可在增值稅發(fā)票管理新系統(tǒng)（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“新系統(tǒng)”）中填開(kāi)并上傳《開(kāi)具紅字增值稅專(zhuān)用發(fā)票信息表》（以下簡(jiǎn)稱(chēng)《信息表》，詳見(jiàn)附件），在填開(kāi)《信息表》時(shí)不填寫(xiě)相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票信息，應(yīng)暫依《信息表》所列增值稅稅額從當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額中轉(zhuǎn)出，待取得銷(xiāo)售方開(kāi)具的紅字專(zhuān)用發(fā)票后，與《信息表》一并作為記賬憑證。

購(gòu)買(mǎi)方取得專(zhuān)用發(fā)票未用于申報(bào)抵扣、但發(fā)票聯(lián)或抵扣聯(lián)無(wú)法退回的，購(gòu)買(mǎi)方填開(kāi)《信息表》時(shí)應(yīng)填寫(xiě)相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票信息。

銷(xiāo)售方開(kāi)具專(zhuān)用發(fā)票尚未交付購(gòu)買(mǎi)方，以及購(gòu)買(mǎi)方未用于申報(bào)抵扣并將發(fā)票聯(lián)及抵扣聯(lián)退回的，銷(xiāo)售方可在新系統(tǒng)中填開(kāi)并上傳《信息表》。銷(xiāo)售方填開(kāi)《信息表》時(shí)應(yīng)填寫(xiě)相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票信息。

（二）主管稅務(wù)機(jī)關(guān)通過(guò)網(wǎng)絡(luò)接收納稅人上傳的《信息表》，系統(tǒng)自動(dòng)校驗(yàn)通過(guò)后，生成帶有“紅字發(fā)票信息表編號(hào)”的《信息表》，并將信息同步至納稅人端系統(tǒng)中。

（三）銷(xiāo)售方憑稅務(wù)機(jī)關(guān)系統(tǒng)校驗(yàn)通過(guò)的《信息表》開(kāi)具紅字專(zhuān)用發(fā)票，在新系統(tǒng)中以銷(xiāo)項(xiàng)負(fù)數(shù)開(kāi)具。紅字專(zhuān)用發(fā)票應(yīng)與《信息表》一一對(duì)應(yīng)。

（四）納稅人也可憑《信息表》電子信息或紙質(zhì)資料到稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)《信息表》內(nèi)容進(jìn)行系統(tǒng)校驗(yàn)。

第三種思路：以原發(fā)票入賬，由對(duì)方承擔(dān)增值稅進(jìn)項(xiàng)稅不能抵扣的損失。

如你所述，此事責(zé)任主要在于對(duì)方人員，因此，應(yīng)由對(duì)方解決或承擔(dān)損失。另外，發(fā)票是付款的前提條件，如對(duì)方不提供發(fā)票，你方可不支付貨款。

以上建議供參考。